Fuerteventura ma około 20 milionów lat i jest najstarszą formacją na wszystkich Wyspach Kanaryjskich. Jest on geograficznie połączony z wyspą Lanzarote, ponieważ obydwa znajdują się na tym samym płaskowyżu, na którym znajduje się zaledwie 40-50 metrów głębokości między nimi.
Fuerteventura, podobnie jak wszystkie inne Wyspy Kanaryjskie, jest pochodzenia wulkanicznego. Pierwsze erupcje znajdowały się znacznie poniżej poziomu morza, a następnie formacje zostały przesunięte w górę. Te wczesne erupcje pokazują typowe łagodne zbocza masywu Betancuria. Późniejsze erupcje - nad poziomem morza - mają tradycyjny kształt "wulkaniczny". Ostatnia erupcja na Fuerteventura była w tym, co jest obecnie La Oliva, około 5.000 lat temu.
Pierwsi mieszkańcy Fuerteventura są uważani za pochodzący z Afryki Północnej, ale według najnowszych badań genetycznych miało miejsce kilka migracji co najmniej trzech typów ras ludzkich. Znaczące eksploracje wyspy rozpoczęły się w XV wieku wraz z Jean de Bethancourt i Gadifer de la Salle.
Fuerteventura - wówczas tylko na północy kraju - od początku lat 70. rozwijała się w celach turystycznych. Południe poszło za nim około 10 lat później.