Fuerteventura is ongeveer 20 miljoen jaar oud en is de oudste formatie van alle Canarische Eilanden. Het is geografisch gejumeleerd met Lanzarote aangezien beide zich op hetzelfde plateau bevinden met slechts 40-50 meter zeebodem ertussen.
Fuerteventura is, net als alle andere Canarische Eilanden, van vulkanische oorsprong. De eerste uitbarstingen lagen ruim onder de zeespiegel en de formaties werden vervolgens opgeschoven. Deze vroege uitbarstingen tonen de typische zachte hellingen van het Betancuria-massief. Latere uitbarstingen - boven de zeespiegel - hebben de traditionele "vulkanische" vormen. De laatste uitbarsting op Fuerteventura was in wat nu La Oliva is, zo'n 5.000 jaar geleden.
De eerste bewoners van Fuerteventura zijn vermoedelijk van Noord-Afrikaanse afkomst, maar volgens recent genetisch onderzoek waren er verschillende immigraties van ten minste drie soorten menselijke rassen. De ontdekking van het eiland begon in de 15e eeuw met Jean de Bethancourt en Gadifer de la Salle.
Fuerteventura - destijds alleen het Noorden - werd vanaf het begin van de jaren zeventig ontwikkeld voor het toerisme. Het zuiden volgde ongeveer 10 jaar later.